Le Pape Innocent III institue une procédure de lutte contre les hérétiques dans sa bulle « Vergentis in senium ».
Depuis le deuxième concile de Latran de 1139, la lutte contre les hérétiques est au cœur des préoccupations du Saint-Siège. Les mouvements manichéens, qui croient en l’existence séparée du bien et du mal, de Dieu et du Diable, tels les cathares, ont prospéré et représentent un risque pour l’unité sociale des pays.
Le 4 novembre 1184, le concile de Vérone donne ordre aux évêques de rechercher eux-mêmes les hérétiques
Le 25 mars 1199, Innocent III publie une procédure inquisitoire contre les albigeois, exposée dans la bulle « Vergentis in senium ».
Cette bulle annonce l’envoi de religieux dans la région d’Albi et pose les bases de l’Inquisition qui atteindra son apogée lors de la répression du catharisme.
Les premières commissions inquisitoriales composées de prêtres et de laïcs sont présentes au concile d’Avignon en 1200.
En 1207, le pape, dans une lettre aux évêques du Midi, expose pour la première fois les principes qui justifient l’extension de la croisade en pays chrétien : l’Église n’est plus obligée de recourir au bras séculier pour exterminer l’hérésie dans une région ; à défaut du suzerain, elle a le droit de prendre elle-même l’initiative de convoquer à cette œuvre tous les chrétiens, et même de disposer des territoires contaminés en les offrant, par-dessus le suzerain, comme butin aux conquérants.
Lotario Conti, élu 176e pape le 8 janvier 1198 sous le nom d’Innocent III, est considéré comme l’un des plus grands papes du Moyen Âge.
C’est sous son pontificat qu’eut lieu la quatrième croisade, qui échappa à son contrôle en s’achevant par le sac de Constantinople par les croisés, événement qui creusa le fossé entre orthodoxes et catholiques.
Le quatrième concile du Latran, réuni en 1215 par Innocent III, reprend toutes les dispositions antérieures au sujet de l’inquisition (du latin inquisitio = enquête) épiscopale, notamment la procédure inquisitoire.
Lire également : 11 novembre 1215 - Ouverture du concile Latran IV