Le 13 juin 1580, suite à la mort du roi Sébastian au Maroc, qui laisse le trône du Portugal sans héritier, le duc d'Albe occupe le pays pour le compte du roi d'Espagne, Philippe II de Habsbourg. Cette occupation espagnole va durer jusqu'à ce que la noblesse portugaise, exaspérée par l'arrogance espagnole, regagne son indépendance.
Devenu une province de l'Espagne sous Philippe II, Philippe III et Philippe IV, le Portugal fut dépouillé de ses colonies par les Hollandais, et perdit sa puissance maritime. Les rigueurs du comte de Olivarez, ministre de Philippe IV, provoquèrent l'explosion du mécontentement national. Un soulèvement, habilement dirigé par un gentilhomme portugais, Pinto Ribeiro, renversa la domination espagnole, et Jean, duc de Bragance, dont la maison descendait d'Alphonse, fils naturel de Jean Ier, fut proclamé roi du Portugal en 1640. Un traité mit fin, en 1668, à la guerre qui durait depuis 26 ans entre l'Espagne et le Portugal, et assura l'indépendance de la couronne portugaise. Le Brésil fut restitué au Portugal par un autre traité conclu avec les Hollandais en 1669.
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