Depuis le haut moyen-âge, l’enseignement est contrôlé par ceux qui détiennent le savoir, c'est-à-dire les représentants de l’Eglise. Ce sont les clercs, au sein des évêchés et des monastères. Avec le développement des villes, de grands pôles d’enseignement se créent au cœur des agglomérations, comme par exemple l’Université de Bologne créée entre 1088 et 1119.

Le 15 janvier 1200, les maîtres et étudiants de la montagne Sainte Geneviève fondent à leur tour l’Université de Paris.
C’est l’aboutissement d’un très long combat mené pour se soustraire à l’autorité de l’évêque. Car pour manifester leur désir d’indépendance vis-à-vis de l’épiscopat, ils décident très tôt de s’installer hors de la juridiction de l’évêque, sur Sainte-Geneviève, où de multiples petites écoles sont déjà installées.

Elle se divise en quatre domaines d'enseignements : la médecine, le droit, la théologie et les arts.

Son enseignement, donnant une grande place à l'analyse des textes anciens, sera à l'origine de la réputation intellectuelle de Paris.

Elle obtient du roi un statut officiel en 1215. Le texte en est rédigé par le légat pontifical Robert de Courçon.

La nouvelle Université de Paris n’acquiert en fait sa complète autonomie qu’en 1231. A cette date, elle est en effet officiellement reconnue par le Pape qui consent à lui accorder des privilèges importants, notamment le droit de grève et le droit de décerner des diplômes. Elle est de plus complètement indépendante du Roi et, si elle s’estime lésée, elle conserve la possibilité d’en appeler directement au jugement du Pape. De fait, l’Eglise conserve bel et bien, même de loin, la main mise spirituelle sur l’enseignement supérieur.