Le pape Grégoire IX confie à un tribunal d'exception, dénommé « Inquisitio hereticae pravitatis », le soin de démasquer et condamner les hérétiques et les catholiques non sincères.

Au Moyen Age l’hérésie fut durement combattue par les papes. En 1199, Innocent III introduit de profonds changements dans le fonctionnement des tribunaux ecclésiastiques.

Les règles en usage prévoyaient que les juges (souvent des laïques) ne pouvaient instruire un dossier qu’après une dénonciation ou une accusation, selon le principe de l’accusatio. Dans les affaires d’hérésie, le Saint-Père autorisa le juge à entamer une procédure directement selon les principes de l’inquisition (inquisitio).

Son successeur Grégoire IX perfectionna le système…

Le mercredi 20 avril 1233, la bulle « Licet ad Capiendos » retire aux tribunaux ecclésiastiques la compétence contre les hérétiques lorsqu'un tribunal d'inquisition existe. Le pape choisit les Frères Prêcheurs de l'ordre monastique de saint Dominique pour combattre l'hérésie.

Ce tribunal de l'Inquisition, qui relève seulement du pape, a pour but d'éviter les excès et l'arbitraire de la justice seigneuriale ou épiscopale. Il tire son nom de la procédure inquisitoire : les juges engagent la procédure et cherchent eux-mêmes les suspects d'hérésie sans attendre une dénonciation ou une plainte de quiconque.

Il va s'avérer d'une efficacité redoutable dans la chasse aux cathares du Midi de la France et s'acquérir très vite une réputation détestable.

La fonction de grand inquisiteur est réservée à des prêtres expérimentés, versés en théologie, de mœurs pures, de sang-froid et d'au moins quarante  ans. Ces précautions n'évitent pas les erreurs de recrutement. Ainsi, l'inquisiteur Robert le Bougre, un hérétique repenti, multiplie les excès au point que le roi Louis IX s'en émeut et obtient du pape qu'il soit incarcéré pour le restant de sa vie.

Lire également : 25 mars 1199 - La bulle « Vergentis in senium » pose les bases de l'Inquisition