Le jeudi 14 avril 1988, à Genève, Soviétiques et Afghans signent un accord par lequel Moscou accepte de retirer ses troupes du pays. Conclu en présence des ministres des Affaires étrangères afghan, pakistanais, américain et soviétique, ainsi que du secrétaire général de l'O.N.U José Perez de Cuellar, cet accord consacre l'échec de l'intervention armée soviétique huit ans plus tôt.

L'accord comporte deux déclarations signées par l'Afghanistan et le Pakistan sur « la non-interférence et la non-intervention » et sur « le retour volontaire des réfugiés », une déclaration signée par les États-Unis et l'U.R.S.S. sur les garanties internationales et une déclaration signée par les quatre pays sur le calendrier du retrait soviétique. Des observateurs de l'O.N.U. seront chargés de veiller au retrait des troupes soviétiques et au retour des cinq millions de réfugiés afghans du Pakistan.

Pour l'Afghanistan, ce n'est qu'une éclaircie dans une suite de conflits interminables.

Le retrait définitif a lieu le 15 février 1989, l'URSS sort épuisée moralement et financièrement par défaite (même si elle ne le reconnait pas). La crédibilité du régime communiste soviétique est terriblement ébranlée.

1,2 millions d'afghans (dont 80% de civils) sont morts, 6 millions ont fui dans des camps de réfugiés,  essentiellement au Pakistan. Dès que les soviétiques sont partis, une guerre civile éclate pour le nouveau pouvoir (et d'abord pour se débarrasser des derniers communistes afghans qui contrôle toujours la capitale).

Les américains, qui estiment qu'une fois les soviétiques repartis leur tâche est terminée se désengage de la région et laissent leurs anciens alliés se débrouiller entre eux.

En 1996, les talibans,  fondamentalistes religieux menés par le Mollah Omar et inspirés par Ben Laden vont s'imposer et mettre en place un régime basé sur la Charia, recueil de lois religieuses interprétées à partir du Coran, téléviseurs, cinéma et théâtre sont interdits, les femmes doivent porter la burqa

Relire : 27 décembre 1979 - Invasion soviétique en Afghanistan