Le 17 mars 1808, Napoléon 1er organise l'Université, fondée le 10 mai 1806.

Dans le même temps, il crée les « Palmes universitaires », ou palmes académiques, afin de « distinguer les fonctions éminentes et de récompenser les services rendus à l’enseignement ».

L'empereur fait aussi du baccalauréat un grade d'État qui sanctionne la fin des études secondaires et donne accès aux études supérieures.

D'origine médiévale, le baccalauréat (de baccalarius, « apprenti chevalier », et laureatus, « couronné de lauriers ») était jusque-là le premier grade de l'Université de Paris, avant la maîtrise et le doctorat.

Le « nouveau » baccalauréat, créé par décret de Napoléon, comporte cinq disciplines : lettres, sciences, droit, théologie et médecine. La première session, avec seulement des épreuves orales, se déroule en 1809 avec 31 candidats, tous des garçons de seize ans. La première bachelière est Julie-Victoire Daubié, une institutrice de 36 ans, en 1861 (grâce à l'intervention de l'Impératrice Eugénie, épouse de Napoléon III).

Loin de sanctionner les années d’études passées au lycée, le baccalauréat est en réalité conçu comme le premier grade universitaire, ce qu’il est d’ailleurs toujours dans les textes.

La première session du baccalauréat, en juillet 1809, n’accueille que 39 candidats, tous issus de la haute bourgeoisie. L'examen est alors quasi donné : il n’existe pas encore d’épreuve écrite, l’épreuve consiste simplement en un entretien oral.

L'obtention du baccalauréat est jugée trop facile, notamment en raison d'entretiens uniquement oraux. En 1830, la première épreuve écrite facultative est introduite, avant de devenir obligatoire en 1840. L’objectif est de rendre plus difficile l’examen, afin de faire concurrence à l’École polytechnique.

En 1881, la composition latine sera remplacée par une « composition française sur un sujet de littérature ou d'histoire ». C'est la fin de la primauté du latin.

Au départ, une appréciation (très bien, bien...) sanctionne la réussite du candidat. La notation sur 20 est introduite en 1890.

Malgré l'opposition de conservateurs attachés aux enseignements classiques, le baccalauréat se modernise peu à peu au profit des sciences. Au fil du XIXe siècle, l’enseignement des lettres diminue au profit des mathématiques et des matières scientifiques, conséquence directe de la révolution industrielle.