En route pour l'Égypte, la flotte de Napoléon Bonaparte s’empare l'île de Malte, le mardi 12 juin 1798.

Trois siècles plus tôt, l'île avait été confiée par Charles Quint aux « Chevaliers de l'Ordre hospitalier de Saint-Jean de Jérusalem », dénommés ensuite de « Chevaliers de l'Ordre Rhodes » puis de « Chevaliers de l'Ordre Malte ».

La campagne d’Égypte

L'expédition militaire en Égypte menée par le général Bonaparte et ses successeurs de 1798 à 1801, a pour objectif de s'emparer de l'Égypte et de l'Orient, et ainsi bloquer la route des Indes à la Grande-Bretagne.

Le 19 mai 1798 (30 floréal an VI) le corps expéditionnaire français quitte Toulon, mais des navires les accompagnent de Marseille, Gênes, Ajaccio, Civitavecchia.

La flotte comprend treize vaisseaux de ligne, six frégates et une corvette, plus deux vaisseaux et sept frégates armés en flûte et vingt-quatre bâtiments légers armés. Environ treize mille marins forment les équipages des bateaux de guerre.

Trois cent-neuf bateaux de transport divers avec trois mille marins sont chargés de troupes.

L'armée embarquée, comprend environ trente-sept mille hommes.

La prise de Malte

Le général Bonaparte se présente devant La Valette le 9 juin 1799, en demandant de faire aiguade (remplir les barriques d'eau). Devant le refus du grand maître, Ferdinand von Hompesch zu Bolheim, de laisser entrer dans le port plus de quatre bateaux à la fois, Bonaparte s'empare de Malte (surtout à cause de son importante position dans la Méditerrané).

Face aux Français, le grand-maître aurait pourtant les moyens de tenir un long siège. De plus, il peut bénéficier de l'aide du roi de Naples. Sans compter que, les chevaliers en ont vu d'autres en trois siècles de présence sur l'île… Mais le cœur n'y est plus, ils rendent les armes.

La capitulation fut signée à bord de l’Orient, le 12 juin, à deux heures du matin.

Article Ier. Les chevaliers de l’Ordre de Saint-Jean de Jérusalem remettront à l’armée française la ville et les forts de la Valette. Ils renoncent, en faveur de la République française, aux droits de souveraineté et de propriété qu’ils ont tant sur cette ville que sur les îles de Malte, du Gozzo et de Cumino.
II. La République emploiera son influence au congrès de Rastadt pour faire avoir au grand maître, sa vie durant, une principauté équivalente à celle qu’il perd, et, en attendant, elle s’engage à lui faire une pension de trois cent mille francs. Il lui sera donné, en outre, la valeur de deux années de ladite pension à titre d’indemnité pour son mobilier. Il conservera, pendant le temps qu’il restera à Malte, les honneurs militaires dont il jouissait.
III. Les chevaliers de l’Ordre de Saint-Jean de Jérusalem qui sont Français, actuellement à Malte, et dont l’état sera arrêté par le général en chef, pourront rentrer dans leur patrie, et leur résidence à Malte leur sera comptée comme une résidence en France.
La République française emploiera ses bons offices auprès des républiques cisalpine, ligurienne, romaine et helvétique, pour que le présent article soit déclaré commun aux chevaliers de ces différentes nations.
IV. La République française fera une pension de sept cents francs aux chevaliers français actuellement à Malte, leur vie durant. Cette pension sera de mille francs pour les chevaliers sexagénaires et au-dessus.
La République française emploiera ses bons offices auprès des républiques cisalpine, ligurienne, romaine et helvétique, pour qu’elles accordent la même pension aux chevaliers de ces différentes nations.
V. La République française emploiera ses bons offices auprès des autres puissances de l’Europe pour qu’elles conservent aux chevaliers de leur nation l’exercice de leurs droits sur les biens de l’Ordre de Malte situés dans leurs États.
VI. Les chevaliers conserveront les propriétés qu’ils possèdent, dans les îles de Malte et du Gozzo, à titre de propriété particulière.
VII. Les habitants des îles de Malte et du Gozzo continueront à jouir, comme par le passé, du libre exercice de la religion catholique, apostolique et romaine. Ils conserveront les priviléges qu’ils possèdent. Il ne sera mis aucune contribution extraordinaire.
VIII. Tous les actes civils passés sous le gouvernement de l’Ordre seront valables et auront leur exécution.

Bonaparte s'installe pour quelques jours à La Valette. Il édicte toutes sortes de dispositions révolutionnaires, et poursuit sa croisière vers l'Égypte en laissant une garnison de 4.000 hommes sur place pour défendre l'île.

Le départ de Malte pour l'Egypte s'effectue le 18 juin.

Le 1^er juillet 1798, la flotte est en vue d’Alexandrie.

En 1800, les Maltais appelèrent les Anglais à l'aide en raison de plusieurs lois impopulaires promulguées par Bonaparte. Cependant, les Britanniques refusèrent de rendre l'archipel à l'ordre de Malte, et l'annexèrent officiellement à l'Empire britannique en 1814, par le Traité de Paris.

L'indépendance de Malte ne sera reconnue que le 21 septembre 1964 mais conserve la reine Élisabeth II à sa tête.